当教会は、1924年（大正13年）、東京府下荏原郡平塚戸越にて、ルーテル東京教会の講義所として宣教を開始しました。
1927年（昭和2年）に荏原教会として礼拝堂を献堂しましたが、1945年（昭和20年）の空襲で全焼。
以後しばらく教会員宅にて集会を守り、1949年（昭和24年）に品川区西大崎に土地建物を取得し、日本福音ルーテル五反田教会と改称します。
1953年（昭和28年）には附属幼稚園を設け、その活動は現在も引き継がれています。
1960年（昭和35年）に大田区東雪谷に移転し、以後日本福音ルーテル雪ヶ谷教会として、100年以上の宣教の歴史を刻んでいます。
今なお都内にあって「小さな教会」ではありますが、宣教の灯火を絶やすことなく活動を続けています。